CONCEPTO 9665 DE 2026
<Fuente: Archivo interno entidad emisora>
SERVICIO NACIONAL DE APRENDIZAJE - SENA
10020
Bogotá
Señor
XXXXX
Asunto: Respuesta a radicado No. 7-2026-065021 - NIS.: 2026-01-071908.
Respetado señor, reciba un cordial saludo.
El Grupo de Coordinación Nacional de Producción Normativa y Conceptos Jurídicos de la Dirección Jurídica de la Dirección General del SENA se permite dar respuesta a la comunicación del asunto, mediante la cual se solicita la emisión de un concepto jurídico orientado a definir el procedimiento aplicable a las incapacidades y a las ausencias de los funcionarios públicos vinculados al nivel de Instructor de planta, de conformidad con el marco normativo vigente.
ALCANCE DE LOS CONCEPTOS JURÍDICOS
A continuación, se presenta el análisis correspondiente, no sin antes precisar que, los conceptos emitidos por la Dirección Jurídica del SENA son orientaciones de carácter general que no comprenden la solución directa de problemas específicos ni el análisis de actuaciones particulares. En cuanto a su alcance, no son de obligatorio cumplimiento o ejecución, ni tienen el carácter de fuente normativa y sólo pueden ser utilizados para facilitar la interpretación y aplicación de las normas jurídicas vigentes.
PRECEDENTES NORMATIVOS
Con el fin de realizar el análisis jurídico correspondiente, se tendrán en cuenta las siguientes disposiciones normativas:
- Decreto Ley 1042 de 1978
- Ley 100 de 1993
- Decreto 1426 de 1998
- Decreto Ley 019 de 2012
- Decreto 1083 de 2015
- Decreto 780 de 2016
- Concepto 118201 de 2023 del Departamento Administrativo de la Función Pública
- Concepto 136071 de 2023 del Departamento Administrativo de la Función Pública
- Concepto SENA 70151 de 2024
- Circular 91 de 2025 SENA
- Procedimiento de incapacidades, licencias de maternidad y paternidad - Código GTH P021, versión 01- SENA
- Guía para el registro, trámite y control de las incapacidades generadas por los servidores públicos del SENA - Código GTH-G008, versión 03, de fecha 03 de junio de 2025
ANÁLISIS JURÍDICO
I. Del Régimen legal de las incapacidades en el empleo público
Sea lo primero indicar que, la incapacidad es una situación jurídica reconocida por el ordenamiento, que se configura cuando un trabajador y/o empleado público, por una condición de salud debidamente certificada por autoridad médica competente, se encuentra temporalmente imposibilitado para el desempeño de las funciones propias de su empleo. Su reconocimiento no altera la existencia del vínculo laboral o legal y reglamentario, según sea el caso, pero sí produce efectos jurídicos específicos en la prestación personal del servicio y en el reconocimiento de las prestaciones económicas previstas en el Sistema de Seguridad Social Integral.
Bajo este régimen legal, la incapacidad cumple una doble finalidad. De un lado, opera como un mecanismo de protección del derecho fundamental a la salud del trabajador o empleado público, al permitir su recuperación sin la exigencia de prestar el servicio; y, de otro, garantiza la continuidad del ingreso económico mediante el reconocimiento de una prestación sustitutiva del salario, en los términos previstos por la ley. No debe perderse de vista que, el ordenamiento distingue entre incapacidades derivadas de enfermedad de origen común y aquellas originadas en accidente de trabajo o enfermedad laboral, diferencia que resulta relevante exclusivamente para efectos del responsable del reconocimiento económico y del régimen aplicable.
Adicional a ello, el régimen jurídico de las incapacidades se encuentra definido por las disposiciones que integran el Sistema de Seguridad Social Integral y regula los efectos jurídicos derivados de la imposibilidad temporal para el desempeño de las funciones propias del empleo, cuando tal circunstancia es certificada por una autoridad médica competente. Dicho régimen establece, de manera expresa, las condiciones para el reconocimiento de las prestaciones económicas correspondientes, la entidad responsable de su pago y el procedimiento administrativo aplicable.
En ese sentido, el legislador, a partir de la Ley 100 de 1993 estableció un tratamiento uniforme de las incapacidades, sin prever un régimen especial o diferenciado para los servidores públicos, razón por la cual, su reconocimiento y trámite se rigen por las normas del Sistema de Seguridad Social Integral, en los términos definidos por la ley y sus disposiciones reglamentarias. Desde esta perspectiva, la incapacidad médica, tratándose de servidores públicos, configura una situación jurídicamente reglada que produce efectos automáticos en la relación legal y reglamentaria, en tanto acredita la imposibilidad temporal de prestar el servicio y da lugar al reconocimiento de la prestación económica sustitutiva del salario.
De igual forma, el artículo 121 del Decreto Ley 019 de 2012 fija una regla expresa de distribución de competencias que resulta vinculante para las entidades públicas, al disponer que el trámite para el reconocimiento de las incapacidades debe ser adelantado directamente por el empleador ante las entidades del sistema de seguridad social. Paralelo a ello, delimita el deber del servidor, circunscribiéndolo a informar oportunamente la expedición de la incapacidad y a aportar los soportes de que disponga.
No debe perderse de vista que, el parágrafo 1 del artículo 3.2.1.10 del Decreto 780 de 2016 regula la distribución de responsabilidades económicas derivadas de las incapacidades, al señalar que el empleador asume el pago en los eventos expresamente previstos por la ley y, en los demás casos, actúa como gestor del reconocimiento a cargo de la EPS, la ARL o el fondo de pensiones, según el origen y la duración de la contingencia.
Por su parte, los artículos 2.2.5.5.10 y 2.2.5.5.12 del Decreto 1083 de 2015 refuerzan el carácter estrictamente reglado de la incapacidad para servidores públicos, al disponer que las licencias por enfermedad se rigen por las normas del régimen de seguridad social y que su duración se determina exclusivamente por el certificado médico.
En línea a lo expuesto, el Departamento Administrativo de la Función Pública, mediante Concepto 118201 de 2023, reiteró que la incapacidad no puede ser tratada como una ausencia injustificada ni como un incumplimiento de la jornada laboral, y que corresponde al empleador adelantar el procedimiento de reconocimiento ante el sistema. En igual sentido, esta Dirección Jurídica mediante el Concepto SENA 70151 de 2024 precisó que durante la incapacidad el servidor público no percibe salario sino un auxilio económico reconocido conforme a las reglas del Sistema de Seguridad Social, y que el trámite para su reconocimiento debe ser adelantado por la entidad empleadora ante la EPS o la ARL, conforme a lo previsto en el artículo 121 del Decreto Ley 019 de 2012.
En consecuencia, el régimen general de incapacidades configura un marco normativo de aplicación obligatoria para las entidades públicas, en el cual la incapacidad médica del servidor público produce efectos jurídicos directos, define competencias claras para el empleador y para las entidades del Sistema de Seguridad Social, y excluye cualquier margen de discrecionalidad de la autoridad administrativa en su reconocimiento, duración o tratamiento.
II. De la normatividad interna del SENA sobre incapacidades médicas
Para efectos de precisar el alcance subjetivo del régimen general de incapacidades en el Servicio Nacional de Aprendizaje - SENA, resulta necesario identificar los empleados públicos que integran la planta de personal de la Entidad. Así pues, el artículo 2 del Decreto 1426 de 1998, “Por el cual se establece el sistema de nomenclatura, clasificación y remuneración de los empleos públicos del Servicio Nacional de Aprendizaje, SENA", clasifica los empleos de la Entidad, de acuerdo con la naturaleza de sus funciones, responsabilidades y requisitos, en los niveles jerárquicos directivo, asesor, ejecutivo, profesional, instructor, técnico, administrativo y operativo.
En relación con el nivel que interesa para el presente análisis, el literal e) del citado artículo establece que el nivel de Instructor comprende los empleos cuyas funciones principales consisten en impartir formación profesional, así como en desarrollar actividades de coordinación académica de la formación e investigación aplicada. Dicha definición normativa permite afirmar que, por regla general, los instructores hacen parte de la planta de personal del SENA en calidad de empleados públicos, vinculados mediante una relación legal y reglamentaria.
A partir de lo anterior, resulta claro que los instructores del SENA, en tanto empleados públicos, se encuentran comprendidos dentro del ámbito subjetivo de aplicación del régimen general de incapacidades desarrollado en el capítulo precedente. En efecto, al no existir un régimen especial en materia de incapacidades para empleados públicos, el reconocimiento, trámite y efectos de las incapacidades médicas que se presenten respecto de estos servidores se rigen por las disposiciones del Sistema de Seguridad Social Integral y por las normas que regulan la función pública, en los términos allí definidos.
Ahora bien, sin perjuicio de la aplicación directa del régimen general de incapacidades, el SENA, en ejercicio de su autonomía administrativa, ha expedido disposiciones internas orientadas a precisar aspectos operativos y procedimentales relacionados con la gestión de las incapacidades de sus empleados públicos, particularmente en lo que respecta a la comunicación, validación, trámite y seguimiento de dichas situaciones ante las entidades del Sistema de Seguridad Social.
Sobre este punto, resulta pertinente señalar que la Circular 91 de 2025, cuyo objeto se concentra en la gestión institucional del recobro de incapacidades y licencias ante las entidades del Sistema de Seguridad Social, desarrolla las obligaciones que se derivan del ordenamiento jurídico general, particularmente de lo previsto en el parágrafo 1 del artículo 3.2.1.10 del Decreto 780 de 2016 y en el artículo 121 del Decreto Ley 019 de 2012.
Desde una lectura sistemática, la Circular 91 de 2025 enfatiza en que, el procedimiento para la gestión de las incapacidades inicia con la comunicación oportuna de la incapacidad por parte del empleado público, quien debe informar su expedición y remitir los soportes médicos correspondientes. Recibida la información, el jefe inmediato cumple un rol de articulación, en cuanto verifica la recepción de la incapacidad, adopta las medidas administrativas necesarias para la organización del servicio durante el período de incapacidad y remite la información a las dependencias competentes para su trámite.
Posteriormente, las dependencias responsables de la gestión del talento humano adelantan las actuaciones administrativas orientadas al registro de la incapacidad, la validación de los soportes, el seguimiento del trámite y la gestión del recobro ante la EPS o la ARL, según el origen de la incapacidad; dichas actuaciones son imprescindibles para garantizar el reconocimiento oportuno de las prestaciones económicas a cargo del Sistema de Seguridad Social y la correcta afectación de los registros administrativos y financieros de la Entidad.
Resulta relevante precisar que la circular en cita debe entenderse como uno de los instrumentos de coordinación administrativa que prevé el SENA para el reconocimiento de incapacidades, en tanto, el empleado público además de ceñirse a lo establecido en dicha circular, debe someterse al Procedimiento de incapacidades, licencias de maternidad y paternidad - Código GTH P021 Versión 01, así como a lo dispuesto en la Guía para el registro, trámite y control de las incapacidades generadas por los servidores públicos del SENA - Código GTH-G008, versión 03 de fecha 03 de junio de 2025.
En suma, los instrumentos mencionados deben interpretarse de manera armónica con el régimen general de incapacidades y con las normas que regulan la función pública, bajo un esquema en el que confluyen, de manera coordinada, los deberes de información del empleado público, las funciones de articulación y organización del servicio a cargo del jefe inmediato y las competencias administrativas de las dependencias de talento humano, todo esto bajo el marco del Sistema de Seguridad Social Integral.
III. Procedimiento aplicable a las ausencias de los servidores públicos del SENA y distribución de responsabilidades
Las ausencias de los servidores públicos frente a su jornada laboral constituyen situaciones administrativas que deben analizarse a partir de las normas que regulan la jornada de trabajo, el deber de prestar el servicio de manera efectiva y las consecuencias jurídicas derivadas de la inasistencia. A diferencia de las incapacidades médicas, las ausencias no se encuentran amparadas por una presunción de justificación y su tratamiento jurídico depende de la verificación de la causa que las origina y del procedimiento administrativo que adelante la entidad empleadora.
De conformidad con el artículo 33 del Decreto Ley 1042 de 1978, la jornada ordinaria de trabajo de los empleados públicos es de cuarenta y cuatro (44) horas semanales, distribuidas en el horario que fije el jefe del respectivo organismo, dentro de los límites legales. En consecuencia, la asistencia al lugar de trabajo y el cumplimiento del horario constituyen un deber funcional inherente a la relación legal y reglamentaria, cuyo incumplimiento genera efectos administrativos y salariales, en los términos previstos por el ordenamiento jurídico.
Desde esta perspectiva, el procedimiento aplicable a las ausencias se activa cuando el servidor público no concurre a laborar o se retira de su puesto de trabajo sin contar con autorización previa o sin una causa legalmente justificada. En estos eventos, corresponde al jefe inmediato, en ejercicio de sus funciones de dirección y control, constatar la inasistencia o el retiro anticipado del servidor, verificar el incumplimiento del horario establecido y reportar dicha novedad a la dependencia de talento humano o a la unidad de personal.
Una vez reportada la inasistencia, la dependencia competente debe requerir al servidor público para que exponga las razones que dieron lugar a la ausencia y, de ser el caso, aporte los elementos probatorios que la justifiquen. Es de recalcar que, dicho requerimiento se enmarca en el derecho al debido proceso y tiene por finalidad determinar si la inasistencia obedece a una causa legalmente aceptable o si se configura una ausencia injustificada. Al respecto, el Concepto 136071 de 2023 del Departamento Administrativo de la Función Pública precisó que la valoración de la justificación de la ausencia corresponde al jefe de la entidad o a quien tenga delegada dicha competencia, y no al servidor público de manera unilateral.
En aquellos eventos en que se concluya que la ausencia no se encuentra justificada, la entidad empleadora debe proceder al descuento de la remuneración correspondiente a los días u horas no laboradas, en aplicación del principio conforme al cual el pago del salario está condicionado a la prestación efectiva del servicio. Lo anterior, al margen de la eventual apertura de actuaciones disciplinarias, conforme a lo previsto en la Ley 1952 de 2019, cuando la conducta configure un incumplimiento de los deberes del servidor.
Por el contrario, cuando el servidor público acredita una causa legal que justifique su ausencia, esta no puede ser tratada como un incumplimiento de la jornada laboral ni dar lugar a descuentos salariales. En tales casos, la entidad debe realizar los ajustes administrativos correspondientes, dejando constancia de la situación presentada y de la decisión adoptada, sin perjuicio de las competencias de control que correspondan al jefe inmediato y a las dependencias de talento humano.
En síntesis, el procedimiento aplicable a las ausencias de los servidores públicos del SENA se estructura sobre la verificación de la inasistencia, la evaluación de su justificación y la adopción de las consecuencias administrativas correspondientes, con una distribución clara de responsabilidades entre el servidor público, el jefe inmediato y las dependencias de talento humano. Se precisa que, el procedimiento se rige por las normas generales del empleo público y debe aplicarse de manera diferenciada respecto del régimen de incapacidades médicas, evitando confundir situaciones que responden a lógicas jurídicas distintas.
CONCLUSIONES
Teniendo en cuenta que el objeto y alcance de este documento no es resolver una situación jurídica particular, sino ofrecer lineamientos generales para la interpretación y solución de las situaciones comentadas en la consulta, se responde así:
De conformidad con lo expuesto en los capítulos precedentes, se precisa que, tanto en el procedimiento aplicable a las incapacidades como en el relacionado con las ausencias de los empleados públicos del SENA, el jefe inmediato cumple un papel relevante dentro de la gestión administrativa, en cuanto actúa como primer nivel de articulación entre el servidor público y las dependencias competentes de la Entidad.
En el caso de las incapacidades médicas, su trámite debe adelantarse conforme al régimen general establecido en el Sistema de Seguridad Social Integral y a las disposiciones internas vigentes del SENA, las cuales organizan el procedimiento institucional para la comunicación, gestión administrativa y recobro de las prestaciones económicas correspondientes. En este marco, la actuación del jefe inmediato se orienta a la recepción de la información y a la organización del servicio durante el período de incapacidad, mientras que las dependencias de talento humano asumen la gestión administrativa integral ante las entidades del Sistema de Seguridad Social.
Por su parte, las ausencias de los servidores públicos frente a la jornada laboral deben ser gestionadas conforme a las normas generales que regulan el empleo público, partiendo de la verificación de la inasistencia y de la evaluación de su justificación. En estos eventos, corresponde al jefe inmediato constatar la ausencia y reportarla a la dependencia competente, a fin de que se adopten las decisiones administrativas a que haya lugar, incluyendo los ajustes salariales correspondientes y, cuando así se considere, el inicio de las actuaciones disciplinarias conforme a la normatividad vigente.
En consecuencia, el tratamiento diferenciado de las incapacidades médicas y de las ausencias del servicio resulta indispensable, en tanto -se reitera- corresponden a situaciones jurídicas distintas que activan procedimientos y responsabilidades específicas, las cuales deben ser observadas por los servidores públicos, los jefes inmediatos y las dependencias de la Entidad, dentro del marco legal y reglamentario aplicable.
Con toda atención, y manifestando nuestra disposición para cualquier aclaración que considere necesaria.
CAROLINA OSPINA VILLEGAS
Coordinadora Nacional Grupo de Producción Normativa y Conceptos Jurídicos
